La dénitrification est une réaction de respiration anaérobie microbienne permettant la transformation des nitrates (NO3-) en diazote (N2). Cette réaction à a lieu par échange d’électrons entre donneurs d’électrons (carbone, fer…) et un accepteur d’électrons (nitrates ).
Deux types de dénitrification existent : la dénitrification hétérotrophe nécessitant du carbone organique et la dénitrification autotrophe ayant lieu au travers d’échanges avec les minéraux. La faible concentration en carbone organique dans les eaux souterraines induit que la réaction majoritaire dans les aquifères est de type autotrophe. La dénitrification hétérotrophe est quant à elle majoritaire dans les milieux tels que les zones humides et lits des cours d’eau.
Sur la commune de Ploudaniel, dans le Finistère Nord, a été découvert le phénomène de dénitrification autotrophe par oxydation de la pyrite (FeS2) qui est la réaction majoritaire dans les aquifères.
L’équation chimique de cette dénitrification est la suivante :
5FeS2 + 14NO3- + 4H+ -> 7N2 + 10 SO42- + 5Fe2+ + 2H2O
Ce phénomène entraîne un abattement parfois total des teneurs en nitrates (exemple du bassin versant de Naizin dans le Morbihan) et une augmentation des teneurs en fer et en sulfates.
Quelle que soit la durée de vie des phénomènes de dénitrification naturelle, ceux-ci ne dispensent pas de poursuivre les efforts de réduction des pollutions à leurs sources, mais laissent un délai pour agir.
L’eau souterraine issue d’un captage , si elle est riche en fer, ne contient alors pas de nitrates . Pour la santé, ces derniers sont néfastes alors que le fer ne l’est pas, mais il entraîne des problèmes de précipités (couleur rouille) dans le forage et les installations. Toutefois le traitement du fer est beaucoup plus aisé et moins onéreux que celui des nitrates .